Una delle difficoltà piú grandi in cui si imbatte il Web Semantico è l'assenza di un vocabolario comune che consenta la condivisione delle risorse.
La descrizione delle relazioni tra i concetti che i metadati veicolano è affidata alle ontologie.
Le ontologie sono degli schemi, e hanno lo scopo di organizzare un dominio: il dominio viene suddiviso in tutte le classi di oggetti che hanno un ruolo nei suoi processi. Insomma, le ontologie descrivono la struttura della realtà che dobbiamo rappresentare.
I vantaggi di questa organizzazione della conoscenza sono innumerevoli, soprattutto se consideriamo gli orizzonti che si aprono per la ricerca: possiamo codificare in maniera sempre piú particolareggiata e cogliere le piú sottili sfumature, sicuri che non perderemo né la possibilità di risalire a un grado di maggiore generalizzazione né i collegamenti con altri concetti della realtà.
Che differenza c'è, allora, tra una ontologia e un database?
Entrambi rappresentano i collegamenti fra concetti, ma mentre il database è finalizzato all'archiviazione, l'ontologia tende alla descrizione di una realtà e alla rappresentazione di preinformazioni sui suoi oggetti.