Alfred Meyer nacque a Gottinga il 5 ottobre 1891 in una famiglia di fede evangelica. Frequentò il ginnasio a Soest, conseguendo il diploma nel 1911.
Iniziati gli studi di diritto nel 1912 a Losanna, li interruppe lo stesso anno per entrare come allievo ufficiale nel LXVIII Reggimento di fanteria (Reggimento Koblenz) e diventare ufficiale di carriera. Nel 1913 superò l'esame di ufficiale presso l' Accademia militare di Metz in Lorena.
Durante la prima guerra mondiale partecipò combatté in Francia, divenne aiutante di battaglione, comandante di compagnia e vicecomandante di battaglione. Nel 1914 fu decorato con la croce di ferro di 2a classe, nel 1915 con quella di 1a classe.
Nell'aprile 1917 fu ferito e fatto prigioniero dai francesi, che lo liberarono nel 1920.
Fu congedato dall'esercito col grado di capitano.

Dapprima lavorò nella divisione commerciale della Grube Bismarck della Deutsche Erdol AG a Gelsenkirchen, poi studiò economia politica alle Università di Bonn e Wurzburg, superò un esame di Stato in economia politica, scienze politiche e finanziarie e diritto pubblico internazionale, e si laureò a Wurzburg in scienze politiche. Tornò quindi alla Grube Bismarck, dove fu impiegato all'ufficio legale.
Il 10 aprile 1928 si iscrisse alla NSDAP (tessera n. 28738), facendo rapidamente carriera all'interno del partito: diventato responsabile del gruppo locale di Gelsenkirchen, nel 1930 era l'unico rappresentante del partito eletto nel consiglio municipale. In seguito fu promosso Gauleiter della Vestfalia settentrionale.
A questo punto Meyer optò per la carriera politica e abbandonò il suo posto di «funzionario per le miniere». Ottenne un mandato alla dieta prussiana, divenendo membro del comitato direttivo oltre che del consiglio di vigilanza della dieta regionale prussiana. Fu eletto al Reichstag per ben tre volte, il 14 settembre 1930, il 6 novembre 1932 e il 5 marzo 1933.
A partire dal 1932 divenne editore del giornale nazionalsocialista di Bochum «Rote Erde». Il 15 gennaio 1933 partecipò all'operazione tesa a esaltare oltre misura l'enorme successo elettorale conseguito dai nazisti nel piccolo Land di Lippe-Detmold, con cui la dirigenza della NSDAP intendeva far dimenticare la sconfitta subita il 6 novembre 1932.
Dopo la formazione dell'esecutivo di Hitler, Meyer mantenne la sua carica a livello regionale, cumulandola con nuove cariche. Divenne presidente della dieta provinciale della Vestfalia, che perse ben presto qualsiasi importanza, e suo rappresentante nel Reichstag. Più importante fu la sua nomina a luogotenente dei minuscoli Lander di Lippe e Schaumburg-Lippe, avvenuta il lo maggio 1933; nel 1936 divenne inoltre ministro di quei Lander.
Solo il 17 novembre 1938 riuscì a ottenere, oltre a quella di Gauleiter, un'altra carica significativa, diventando primo presidente della provincia di Vestfalia. Inoltre Meyer cumulò le più diverse cariche onorifiche: il 19 settembre 1934 divenne Gauarbeitsführer, cioè responsabile del lavoro nel suo Gau, del Servizio nazionale del lavoro (RAD), nel 1934 ricevette la cittadinanza onoraria di Gelsenkirchen, nel 1936 quella di Detmold, nel 1940 quella di Recklinghausen e di Lemgo.
Diventò anche membro dell' Accademia di diritto tedesco. Nelle SA ottenne il grado di Gruppenführer (20 aprile 1936), poi quello di Obergruppenführer (9 novembre 1938). Nel 1939 Meyer fu inviato per la prima volta fuori dal territorio del Reich in qualità di responsabile dell'amministrazione civile di un'armata occidentale, carica che cumulò con quelle precedenti.
Nel 1941, quando già altri Gauleiter avevano ricevuto posti e prebende nei territori occupati, Meyer fu nominato, su richiesta di Rosenberg, diventato frattanto ministro dei Territori orientali occupati, suo vice col grado di segretario di Stato. In questa veste partecipò attivamente allo sfruttamento e al saccheggio dei territori sovietici conquistati, rendendosi responsabile in particolare della pauperizzazione della popolazione locale, delle azioni terroristiche condotte nei suoi confronti e della sua liquidazione.
Meyer fu invitato alla conferenza del Wannsee, visto che, da quando erano entrate in azione le Einsatzgruppen della Polizia di sicurezza e del SD di Heydrich, nei territori dipendenti dal suo ministero lo sterminio degli ebrei procedeva in maniera sistematica.
Di lì a poco - come già in passato - gli ebrei dell'Europa centrale e occidentale sarebbero stati deportati nei ghetti che sorgevano nel territorio sovietico occupato, per morire di stenti o essere subito uccisi. Tale politica contribuiva a creare una situazione caotica, che Meyer non poteva certo ignorare, nell'area dipendente dal ministero dei Territori orientali occupati e suddivisa nei due commissariati del Reich Ostland (Gauleiter e commissario del Reich Hinrich Lohse) e Ucraina (Gauleiter e commissario del Reich Erich Koch).

Nel maggio 1945 al termine della guerra, Meyer si tolse la vita.