In trenta giorni, dal 1° al 30 settembre 1939 la Polonia venne sconfitta dalle truppe tedesche che l'invasero da occidente e dalle truppe russe che l'assalirono da oriente. Il sorprendente accordo tra nazismo e stalinismo distrusse lo Stato polacco. Non vi fu un armistizio tra la Polonia ed i suoi aggressori, né alcuna trattativa di pace. Molto più semplicemente la Polonia cessò di esistere come nazione divisa tra le due più sanguinarie dittature del tempo.
Così come era stata fulminea l'azione militare contro l'esercito polacco, così fu immediata l'azione contro gli ebrei. Nelle operazioni contro la Comunità ebraica polacca vennero seguiti tutti i passaggi che in sei anni, dal 1933 al 1939, erano stati seguiti in Germania. La differenza sostanziale fu che la rapidità dei provvedimenti adottati fu impressionante e la crudeltà impiegata senza precedenti. Ciò si spiega in primo luogo con "l'esperienza" oramai maturata dai nazisti in anni di persecuzioni e, in secondo luogo, con lo stato di guerra che dissolveva ogni timore per le reazioni all'estero.
Sin dai primi giorni le violenze naziste sugli ebrei polacchi furono diffuse e sanguinose. Il generale List che comandava la 14a Armata tedesca si vide costretto a emanare un'ordinanza speciale di divieto di saccheggio, incendio di sinagoghe, violenze sulle donne ebree e massacri di uomini. La gerarchia militare tedesca era perfettamente al corrente di queste operazioni e manifestò il suo nervosismo. I generali non desideravano che "operazioni spontanee" contro gli ebrei fossero condotte mentre erano responsabili dell'amministrazione del territorio polacco. Il punto di vista dell'esercito era che si dovesse procedere alle operazioni nei confronti degli ebrei dopo la fine delle operazioni ed il passaggio dei poteri di controllo all'amministrazione civile. Le SS e l'esercito trovarono un accordo. Il 19 settembre 1939, Heydrich, capo della Polizia di sicurezza, incontrò il Generalquartiermeister Wagner. Il giorno dopo il generale Franz Halder Capo di Stato Maggiore informava i suoi ufficiali dell'esito del colloquio e accennava all'idea della creazione di ghetti per gli ebrei. Il piano di Heydrich in realtà era molto più complesso di quanto Halder non dicesse ai suoi uomini. Il 21 settembre 1939 in una riunione con capi dell'Ufficio centrale di Sicurezza del Reich ai comandanti delle unità della Polizia di sicurezza (Einsatzgruppen), Heydrich comunicò la decisione di eliminare gli Ebrei dalle regioni maggiormente germanofone, di cacciarli da tutta la campagna polacca, e di concentrarli in ghetti situati nelle grandi città. Il documento è particolarmente importante perché ci mostra la decisione e la rapidità con la quale vennero adottate tutte le misure restrittive già operanti in Germania. Il fatto nuovo era che nelle città polacche - a differenza che in Germania - vennero creati dei ghetti chiusi per gli ebrei.

Al settembre del 1939 Heydrich ha ben presente che il concentramento degli ebrei non è la soluzione finale del problema ebraico. Essa, scrive, sarà raggiunta più avanti. Per il momento occorre liberare dagli ebrei tutti i territori ex polacchi che sono divenuti parte integrante del Reich. Gli ebrei devono essere trasferiti nella Polonia centrale nel territorio che diverrà il Governatorato Generale e che sarà posto sotto la direzione di Hans Frank. Per la prima volta Heydrich accenna alla creazione degli Judenrat, cioè i consigli ebraici. Dobbiamo porre molta attenzione a questa innovazione: essa ricalca esattamente il ruolo giocato dalle organizzazioni ebraiche in Germania e in Austria. In altri termini Heydrich ha capito l'utilità di organizzazioni ebraiche alle quali affidare una serie di compiti: il censimento degl ebrei, l'organizzazione dei ghetti, la loro amministrazione. Il piano di Heydrich è grandioso nel suo orrore: creare pochi grandi ghetti nelle città polacche, stiparvi gli ebrei e attendere i futuri sviluppi verso la "soluzione finale".
Come abbiamo detto l'esercito rifiutò di collaborare a questa operazione e anzi pretese che fosse posta in atto dopo la fine delle operazioni militari. Con il passaggio dei poteri all'amministrazione civile. I generali tedeschi non intendevano sporcarsi le mani. Il 16 ottobre 1939 il Quartier Generale tedesco comunicava "Le truppe tedesche hanno ormai terminati i loro movimenti per l'occupazione della zona di interessi in Polonia. Da ora in poi il quartier generale non farà più comunicazioni relative al fronte orientale". La guerra in Polonia era terminata. Heydrich entrava in azione. Per la verità sin dai primi giorni di ottobre le SS si erano mosse: il 4 ottobre vi fu una irruzione nella sede della comunità ebraica di Varsavia. I tedeschi arrestarono (non prima di aver rubato i fondi della Comunità) il presidente della Comunità Adam Czerniakow e lo nominarono presidente dello Judenrat di Varsavia.

Per comprendere bene le mosse dei nazisti in Polonia dal 1939 in avanti occorre avere presente come vennero suddivisi i territori polacchi occupati. Una parte dell'ex territorio polacco fu annesso direttamente alla Germania divenendo "suolo tedesco". Questo venne suddiviso in due provincie: Danzica-Prussia e Wartheland (o Warthegau), ciasuna governata da un funzionario civile e da un dirigente del Partito Nazista (Gauleiter). Nella Danzica-Prussia venne nominato Forster e nel Wartheland Greiser. Il compito più difficile ricadde su Greiser perché nel Wartherland risiedevano 400.000 ebrei. Poiché era desiderio di Hitler che il territorio del Reich fosse reso "libero da ebrei" al più presto il piano di Heydrich doveva partire proprio da qui. Heydrich aveva previsto che gli ebrei venissero trasferiti nella Polonia sud orientale e, proprio qui, venne creata una nuova provincia: il Governatorato Generale (Generalgouvernement). All'interno del Governatorato Generale vivevano 1.400.000 ebrei circa. Dopo il 1941, con l'attacco all'Unione Sovietica, i tedeschi occuparono la zona polacca che era stata incorporata dai russi. In questi nuovi territori vennero creati due "Commissariati": il "Reichkommisariat Ostland" e il "Reichkommisariat Ukraina". Un'ampia area intorno a Bialystok venne resa autonoma con il nome di "Regione di Bialystok". Il Governatorato Generale venne costituito come una specie di Stato autonomo sotto la direzione di un vecchio seguace di Hitler, Hans Frank. Di fatto questa era la suddivisione amministrativa civile e su questa sarebbe dovuta ricadere gran parte dell'attività di concentramento degli ebrei.