Tidus, un cittadino di Zanarkand, sta per giocare una partita di Blitzball nel torneo in memoria di Jecht, padre di Tidus e stella del Blitzball, scomparso in mare più di dieci anni prima. Scansando le orde di fan che richiedono autografi e gli fanno domande, il ragazzo si dirige verso lo stadio, con la mente che indugia sul padre e sulla pesante eredità che gli ha lasciato. Giunto sul posto, la partita ha inizio. Il gioco si svolge rapido e spettacolare, con il pubblico che si agita e si scalda per le azioni migliori. Tidus è sul punto di scatenare il suo tiro migliore, lo Sferatiro, svettando alto sopra al campo da gioco, quando, inaspettatamente, un’entità gigantesca e spaventosa attacca la città di Zanarkand, distruggendo lo stadio e terrorizzando la popolazione. Tidus esce incolume dalla distruzione della struttura e incontra Auron, un vecchio amico del padre che non vede da anni, che lo esorta a seguirlo promettendo al ragazzo notizie sulla sorte di Jecht. Facendosi largo tra schiere di mostri generati dalla gigantesca creatura che infuria in città (il cui nome è Sin, lo informa Auron) e dopo una corsa a perdifiato per sfuggire alla distruzione di un ponte sopra elevato, Tidus rimane appeso a una sporgenza, in procinto di scivolare da un momento all’altro. Auron lo trae in salvo ma, dopo essere stati entrambi avvolti da una luce abbagliante emanata da Sin, Tidus perde coscienza e tutto si fa silenzio.

Tidus si risveglia da solo, immerso nelle acque di un mare sconosciuto che lambisce un tempo in rovina. Guadagnato l’accesso al tempo dopo essere sfuggito per pura fortuna a un gigantesco mostro acquatico, Tidus fa il possibile per accendere un fuoco di fortuna per evitare di morire congelato. Mentre il ragazzo si riscalda di fronte al debole fuoco, quel tenue momento di calma è interrotto dall’attacco di un altro mostro. Tidus è in procinto di perire nello scontro quando, inaspettatamente, un gruppo di persone che parlano una lingua sconosciuta irrompono nel tempio e aiutano il ragazzo a sbarazzarsi della bestia. Si scopre che quegli individui appartengono al popolo degli Al Bhed, un’etnia generalmente disprezzata per il loro largo uso delle macchine. Tidus, dopo aver aiutato una ragazza Al Bhed a portare in superficie un antico manufatto meccanico, scopre da lei di non trovarsi più “a casa”. A detta di Rikku, la ragazza Al Bhed che Tidus scopre saper parlare la lingua comune, Zanarkand è stata distrutta da Sin mille anni prima e ora non ne restano che rovine. Tidus non fa in tempo a riprendersi dalla notizia, alla quale ancora non sa se credere o meno, che Sin compare e attacca la nave Al Bhed su cui si trova il ragazzo, trascinandolo via in un violento vortice marino e facendolo nuovamente svenire.

Tidus riprende conoscenza, ancora miracolosamente incolume, scoprendo di trovarsi nelle acque limitrofe a quella che sembra essere un’isola tropicale. All’improvviso, viene colpito di sorpresa da un pallone da Blitzball, lanciato per sbaglio da alcuni individui che si stanno allenando sulla spiaggia li vicino. Il giovane li raggiunge e fa la conoscenza di Wakka, il capitano di una squadra della squadra di Blitzball dei Besaid Aurochs (“Besaid” è il nome dell’isola). Wakka conferma la storia su Zanarkand raccontata da Rikku e avverte Tidus che, probabilmente, crede di essere un abitante di Zanarkand in quanto la sua memoria è stata in qualche modo “corrotta” dalla vicinanza con Sin, che a quanto pare emana delle spore che hanno quell’effetto sulle persone. Wakka, intimando al ragazzo di non scoraggiarsi, lo invita a seguirlo fino al villaggio, dove gli offre ristoro e accoglienza. Al villaggio, Tidus viene a conoscenza dell’esistenza degli Invocatori, persone dedite a Yevon, la fede principale su Spira, che dedicano la vita alla sconfitta di Sin. Costante di ogni Invocatore è quella di seguire un pellegrinaggio dove acquisire gli Eoni, esseri potentissimi che possono essere schierati contro Sin, e, infine, ottenere l’Invocazione Suprema, l’unico metodo possibile per la sconfitta definitiva dell’enorme mostro. Venuto a conoscenza che l’Invocatore è chiuso nel Chiostro della Prova (speciali stanze irte di indovinelli e pericoli che l’Invocatore deve superare per ottenere un Eone) all’interno del Tempio da diversi giorni, il protagonista, mosso dal desiderio di soccorrerlo, irrompe nel Chiostro per trarlo in salvo. Superato il Chiostro e subito il disappunto dei due guardiani (persone scelte personalmente dall’evocatore per scortarlo durante il pellegrinaggio) presenti all’interno, Lulu e Kimahri, il ragazzo assiste alla comparsa dell’invocatrice, Yuna, che finalmente, stremata, termina la prova. Uscito dal tempio e osservato per la prima volta un Eone, Valefor, invocato da Yuna di fronte al popolo di Besaid, il ragazzo, in quanto giocatore di Blitzball, viene invitato da Wakka, anch’esso guardiano di Yuna, a partire con il gruppo il giorno seguente. Yuna inizierà il pellegrinaggio, scortata dai guardiani, e siccome il cammino prevede come tappa la città di Luka, sede del più grande stadio di Blitzball, Wakka suggerisce che il ragazzo potrebbe magari incontrare qualcuno di sua conoscenza. Il gruppo salpa da Besaid il giorno seguente, tra la commozione degli abitanti di Besaid per la partenza di Yuna.

In viaggio sulla nave verso Kilika, prossima tappa del cammino dell’invocatrice, Tidus inizia a stringere conoscenza con Yuna, scoprendo inaspettatamente che il padre di lei, Braska, invocatore egli stesso, compii il suo pellegrinaggio assieme ad Auron e a un altro guardiano di nome Jecht, che si scopre essere lo stesso padre di Tidus. Durante il viaggio, la nave subisce l’attacco di Sin che, respinto a fatica, si dirige verso Kilika, radendo quasi al suolo il villaggio.

Giunti a Kilika, Yuna procede al rito del Trapasso, una cerimonia per consegnare l’anima dei defunti uccisi da Sin all’Oltremondo. Terminato il rito, il gruppo, attraverso la foresta di Kilika, giunge al tempio, dove Yuna ottiene il secondo Eone, Ifrit. Il gruppo incontra anche la squadra di Blitzball dei Luka Goers, favoriti del torneo che si svolgerà a Luka che, sprezzanti, sbeffeggiano Wakka per non essere mai riuscito a vincere il torneo annuale di Luka. Tidus, sostenendo il neo amico, dichiara di voler prendere parte alla competizione giocando con Wakka, per riuscire finalmente a conquistare il trofeo tanto sognato dalla squadra di Besaid. Il gruppo, successivamente, risale sulla nave per dirigersi a Luka.

La nave giunge a Luka e il torneo ha inizio. Questa sarà l’ultima volta che Wakka vi parteciperà, dopodiché s’impegnerà nel ruolo di guardiano di Yuna a tempo pieno. Faticosamente, la squadra di Besaid giunge in semifinale, che li vedrà contro la squadra degli Albhed Psiches. Nel frattempo, Yuna scompare. Si scopre che è stata rapita dagli Albhed, apparentemente per garantirsi un facile accesso alla finalissima. Mentre Wakka è impegnato nella partita, Tidus, Lulu e Kimhari corrono in soccorso di Yuna e la traggono in salvo da una terribile macchina Albhed che la teneva prigioniera, permettendo a Wakka di giocare liberamente e giungere in finale. L’esito della partita dipende dalle capacità del giocatore. In ogni caso, alla fine di essa, Luka subisce l’attacco di Sin e Auron fa la sua comparsa.